Il percorso di visita del Museo Missionario si articola tra stanze tecnologiche e stanze tipicamente adibite all'esposizione di opere pittoriche e oggetti, il tutto seguendo delle narrazioni in audioguida che ne evidenziano le peculiarità.
I - accoglienza
II - sala mappamondo
III - sala multimediale
IV - sala borgia
V - biblioteca barberini
VI - sala missionaria
VII - sala del palazzo
VIII - corridoio dei re magi
IX - pinacoteca
X - pianerottolo dei papi
XI - pontifice opere missionarie
XII - cappella newman
XIII - cappella dei re magi